Libro: Software Para El Diseño De Microarreglos Específicos:

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Libro: Software para el diseño de microarreglos específicos: Detección del virus del papiloma humano (Spanish Edition)

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Se implementó el Programa de Selección de Sondas: PSS, un programa capaz de diseñar microarreglos parciales o totalmente específicos con el fin de identificar organismos que sean muy parecidos entre ellos. Se ha realizado como modelo biológico el virus del papiloma humano (VPH) dada su implicación en el desarrollo del cáncer y la alta semejanza entre sus diferentes tipos y subtipos. Se seleccionó el lenguaje Perl por su orientación al manejo de datos biológicos y por su gran potencial en minería de datos. La entrada de este programa es una huella genómica. Las que se usan en este trabajo fueron generadas usando un simulador de hibridaciones en microarreglos, pero cualquier tabla de resultado de microarreglo (in vitro o in silico) puede usarse como alimentación. Se utilizaron más de 100 tipos virales del VPH para diseñar y probar el PSS. Utilizando el PSS se seleccionan las sondas óptimas para un microarreglo específico para el VPH. Obtuvimos 200 sondas específicas para los virus de alto riesgo y 139 sondas para los virus de bajo riesgo. También se seleccionaron sondas específicas para algunos tipos virales como HPV16 (30 sondas), HPV18 (40 sondas), HPV31 (35 sondas), HPV35 (36 sondas)

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